6月11日开始，国家卫生健康委党组书记、主任马晓伟多次主持召开专题会议，研究部署北京新冠肺炎聚集性疫情防控相关工作，向北京派出专家组指导防控工作，并对在京委属委管医院和全国面上进一步加强防控工作进行部署。
专题会议指出，目前疫情防控形势依然十分严峻，疫情防控工作仍然存在不确定性。要强化底线思维和担当意识，立足防大疫、打大仗，从防与治两端发力，以坚决果断、有力有效的举措，将疫情扼杀于成灾之前。要切实落实“外防输入、内防反弹”的防控策略，健全及时发现、快速处置、精准管控、有效救治的常态化防控工作，尽快查清传染源，有效阻断传播途径，坚决遏制疫情蔓延扩散。
国家卫生健康委已经向北京派出委领导担任组长的专家组指导防控工作，加强疫情形势分析研判，有针对性地做好防控工作，并抽调有武汉工作经验的防治专家，尤其是流行病学调查、环境消杀等方面的国家专家参加北京市相关工作。
根据北京当前疫情情况对北京市防控工作提出“四个扩大”、“四个加强”和“四早”等明确要求。扩大北京市新发地等农贸市场的环境和物品采样，扩大对北京市重点区域、重点人群的核酸检测，扩大对病例密切接触者、次密切接触者的流行病学调查，扩大相关人员的隔离医学观察范围。加强医疗机构发热门诊排查管理，加强医院感染控制，加强疫情信息报告和发布，加强公众宣传教育。早发现、早报告、早隔离、早治疗，切实落实病例2小时进行网络直报，12小时反馈实验室检测结果，24小时完成流行病学调查。同时，组织专家定期发布权威信息，解疑释惑。
6月13日，国家卫生健康委召开在京委属委管医院工作会，部署加强预检分诊和发热门诊管理、医院感染控制、核酸检测等防控措施，全力配合支持北京市做好疫情防控工作。
同时，印发通知，部署各地进一步加强全国面上防控工作，做好相关人员追踪隔离、组织对海鲜市场大排查，加强医疗机构发热门诊排查、相关人群核酸检测等疫情监测工作，加强农贸市场相关环境、物品采样检测和环境消毒工作等防控措施提出明确要求。
