据“中时电子报”6月9日报道，这架美国海军的C-40运输机按照国际民航航线飞行，向台湾民航部门提出过境申请，接受台北飞航情报区内台北区管中心管制。台湾“中华战略学会”研究员张竞9日在接受采访时表示，美国军机的原航线是自冲绳经台湾东岸飞往泰国，由于当天受到台军打靶训练的影响，才借道台湾西岸。
张竞表示，美军飞机平时从冲绳飞往泰国空军基地会沿着G581航路，然后转向台湾省屏东县的恒春镇方向，再转向南飞至泰国。这个航线是“家常便饭”，美机也会接受台湾民航管制。但9日台军在东岸R-17靶区开展射击演训，尽管不会影响G581航路的飞行安全，但是显然这架美军行政专机不愿冒任何风险，因此改由西岸航线飞过。
另据“联合新闻网”6月9日的报道，台湾防务部门对美机的飞行活动回应称，美机进入台湾空域，是按程序完成申请，期间并未降落台湾任何机场。
“中时电子报”6月9日还报道称，台湾防务部门表示，当天上午侦测到解放军的多架苏-30战斗机短暂飞入台湾西南空域。台湾防务部门单方面宣称，台军负责侦察和巡逻的战机全程掌握解放军战机飞行，并用广播进行警告，采取了“驱离”措施。
台湾防务部门还老调重弹地强调，台军运用联合情监侦系统，对于台海周边海、空域状况，均能充分掌握，并采积极应处作为，确保安全。
