日本国立传染病研究所的调查是以世界和日本国内的5073例在新冠病毒核酸检测中呈阳性的病例为研究对象，进行了病毒全基因组测序并分析病毒基因特征。调查发现，日本早期检测出的与中国具有较深关联的病毒2月就逐渐消失，第一轮疫情很快得到控制。3月以后，通过多种途径从欧美带回的病毒引发多起输入性感染案例，将日本疫情推向第二轮高峰。
那么，之所以出现这种情况是因为病毒本身的不同特点，还是因为日本政府的防控措施存在漏洞？针对《环球时报》记者的问题，黑田诚并未直接给出答案，他说，该问题超出全基因组信息测序的推测范畴，很难正确回答。但是经过日本卫生机构和出入境管理机构从传染病学上进行的彻底调查，普遍认为第一轮检测出的病毒几乎在早期就已得到平息。
自疫情发生以来，日本东京大学社会科学研究所教授丸川知雄密切关注事态走向，他于30日在接受《环球时报》记者采访时称，日本国立传染病研究所的调查结果与疫情传播的时间顺序相符。日本早期并未出现爆发性传染案例，疫情直到3月末才开始暴发。而那时中国的情况已经平息了大约两周，因此在日本引发大规模传染的病毒显然不是从中国直接传入的。丸川知雄认为，虽然日本政府2月1日才开始对中国湖北采取入境限制措施，“动作比较慢”，但由于中国本身及时采取了“封城”以及停止团队旅游等系列措施，所以病毒传播到日本的情况有限，且在可控范围之内。
丸川知雄认为，日本政府针对欧洲采取的措施较为缓和，3月上旬才将拒绝入境的对象瞄准意大利部分地区，随后陆续限制来自欧洲国家的人员入境日本。这其中，日本政府对待美国所采取的措施“最为柔和”，3月下旬才要求包括日本人在内的欧美来日人员，要在酒店等指定场所隔离观察2周。丸川知雄表示，这表现出日本政府似乎害怕伤害美国的感情，这种做法显然不科学，根据政治嗜好出台措施是导致新冠病毒在日本大规模扩散的一大原因。
日本国立传染病研究所的调查报告指出，从目前情况来看，日本还将迎来第三、第四轮传染高峰，要想平息疫情恐怕需要花费更多时间。黑田诚告诉《环球时报》记者，全基因组信息测序手段可以严谨的反映出过去的情况，这一结论是基于实验得出的。但仅凭该手段无法准确分析出未来的情况，因此无法预知日本究竟会在何时迎来第三、第四轮传染高峰。黑田诚透露说，该调查从1月在日本发现首例新冠肺炎确诊案例就已经开始了，国立传染病研究所和地方研究机构通力配合，经过约110日的研究得出此次发表的调查结论。
