1、由于第三方工具获取的是site查询的数据，而site查询的数据是模糊查询。所以网站的首页位置如果是site查询没有了可能是site查询方法的问题。
2、网站内部链接存在问题，导致首页链接权重过低，从而没了。
3、网站有违规操作，被搜索引擎惩罚了。
分析网站的首页位置突然没有了的原因
建议具体问题具体分析。
二、网站更换域名后，排名下降，而且不收录怎么办
网站更换域名后需要做301跳转，同时向百度提交改版规则，并且需要帮助原来的域名可以正常访问一段时间，等蜘蛛抓取新域名正常后，再取消解析。
这个情况确实应该是备案期间先给网站使用免备案的空间，或者是向百度提交闭站保护，做503的返回码，这些都没有去做好就直接使用新域名，等于你是重新在做一个新站。